女神异闻录3 剧场版 第三章 秋降

电影以淳平被 Strega 的成员 Chidori Yoshino 绑架开始，而 Makoto 和其他人正在与 Takaya、Jin 和 Shadow Arcana Hanged Man 战斗。在他们战斗时，Makoto 被打昏并看到了 Pharos 的幻象，Pharos 告诉 Makoto 他将会离开，尽管 Makoto 恳求他不要离开。醒来后，Makoto 和他的朋友们成功击败了 Shadow Arcana 并救出了淳平。在 Shadow 被击败后，Takaya 和 Jin 撤退，而 Chidori 被 SEES 抓获。第二天，Makoto 和他的朋友们与 Takeharu Kirijo 决定庆祝他们击败所有十二个 Shadow Arcana 并摧毁 Dark Hour 的胜利。然而，在庆祝派对上，当时间到达午夜时分，Dark Hour 开始了。他们在地狱之门与生月对峙，揭露生月篡改了由香里父亲的记录，从而帮助她们击败十二暗影阿卡纳，最终导致世界末日“陨落”。他使用埃吉斯的控制器，控制埃吉斯捕获并钉死了所有SEES成员，除了被埃吉斯用枪指着的武晴。武晴挣脱束缚，向生月开枪，但他也被生月一枪致命，最终身亡。就在埃吉斯准备杀死他们之前，她恢复了控制，并解救了她的朋友们。被逼到绝境的生月因枪伤从塔上坠落身亡。

生月的背叛、武晴的死以及黑暗时刻的余波让真琴和他的朋友们心烦意乱，他们不知道接下来该怎么办。失去了真琴、法罗斯和武晴，以及生月的背叛，让真琴开始疏远他的朋友，认为与他们建立联系只会带来痛苦。与此同时，淳平开始与千鸟的关系更加密切，并对她产生了感情。新学期伊始，一位名叫望月亮二的转学生转入真琴的班级。他很快就招来了阿吉斯的厌恶，阿吉斯不断地说他不好。亮二不顾真琴的拒绝，偶尔试图与他交朋友，到处跟着他，甚至和真琴做同样的兼职。看到真琴几乎不参加任何课外活动，他建议他们成立一个“帮忙”俱乐部，真琴勉强答应了。在他们一起进行俱乐部活动时，真琴慢慢地与良二成为了亲密的朋友，这让阿吉斯非常沮丧。

真琴和他的朋友们随后参加了京都的修学旅行。这时，由香里与光子对峙。光子仍为父亲的去世而悲痛，并被父亲留给她作为桐城集团负责人的责任所压抑，这导致光子失去了生存的意志。由香里鼓励她按照父亲的意愿继续生活，而不是继续哀悼父亲的去世，并让光子相信她并不孤单。回到酒店后，真琴、淳平、秋彦和亮二在温泉里待到女孩的入浴时间，却浑然不知。当光子、由香里、风花和阿吉斯进入温泉时，她们开始惊慌失措。尽管她们试图偷偷溜出去，但还是被女孩们发现了，她们只能任由阿吉斯摆布，阿吉斯用枪威胁她们，而光子则“处决”了她们。

回到医院，高屋和仁闯入千鸟的病房，说服千鸟离开。进入黑暗时刻，千鸟呼叫SEES前往地狱入口。淳平先于其他人到达，试图说服千鸟回来，但她试图杀死他。尽管真琴等人与他在一起，淳平还是让他们退后，把千鸟留给他。淳平最终让千鸟平静下来，千鸟透露，当她和他在一起时，她会害怕死亡。淳平随后透露，他也有同样的感觉，他不想失去她，希望她留在自己身边。高屋批评千鸟的软弱，开枪打死了淳平，致其重伤。最终，千鸟意识到自己对他的感情，牺牲了自己的生命来复活淳平，并在临死前向他表达了爱意。淳平的人格面具与千鸟的人格面具合二为一，化为特里斯墨吉斯忒斯。在真琴的支援下，他们制服了高屋和仁，迫使他们撤退。淳平对千鸟的死深感悲痛，但当他发现千鸟的速写本上满是他的肖像时，他又重新下定了为她而战的决心。

12月2日，埃吉斯恢复了受损的电路，并在黑暗时刻到来之际恢复了失去的记忆。在月光桥上，良二凝视着满月，随后与埃吉斯对峙。她终于记起良二其实是她十年前封印的名为“死神”的暗影，并决心击败他，由此引发了冲突。与此同时，真琴开始回忆起父母去世的那个夜晚，想起埃吉斯在同一天晚上与暗影战斗的情景。真琴迅速前往桥上，却发现埃吉斯倒在地上，良二正站在她身旁，这时他刚好赶到。