女神异闻录3 剧场版 第一章 春生

高中生结城真琴来到这座城市，目睹了一种奇异的现象——所有科技设备都瘫痪了，人类被关进了棺材。真琴来到岩户台宿舍，一位神秘的少年向他展示了一份契约，之后他遇到了宿舍的同宿舍生竹羽由香里和桐条满。第二天，真琴和由香里以及同班同学伊织淳平一起就读月光馆高中二年级。之后，学校的理事长生月修二请由香里调查真琴，因为他身上那些怪异的特质暗示着他的“潜力”，以及一些巧合——十年前他的父母在城里的一场事故中丧生。与此同时，真琴发现自己身处一个叫做“天鹅绒房间”的地方，并结识了伊戈尔和伊丽莎白。午夜怪异事件发生时，真田晶彦匆匆赶回宿舍，却遭遇了一群怪兽的袭击。由香里抱起真琴，逃到屋顶。然而，他们被一只巨大的怪兽逼入绝境。真琴觉醒了双重人格面具的力量，最终击败了敌人。

昏迷一周多后，真琴在医院醒来，找到了由香里。由香里解释说，他们俩的相似之处在于，父母都在过去的事故中丧生。生月、秋彦和满招募真琴加入特殊课外处决队（SEES），帮助他们对抗暗影生物。这些暗影生物会在午夜“黑暗时刻”现象中捕食人类，从而引发冷漠症候群。不久之后，淳平也加入了SEES，秋彦推断他们已经拥有足够多的成员，可以开始探索学校的“黑暗时刻”形态——一个名叫塔耳塔罗斯、暗影出没的迷宫——他们希望在那里揭开“黑暗时刻”的秘密。真琴还与山岸风花成为朋友，并了解到她与班级恶霸森山奈月的紧张关系。

又一个满月之夜，三郎察觉到一列火车上出现了异常庞大的暗影，于是派真琴、由香里和淳平前往调查。然而，就在火车开始加速时，三人遭到暗影伏击。淳平冲上前去，遭遇了女祭司阿尔卡纳，后者将其制服。然而，就在火车即将发生碰撞之际，真琴与淳平联手击败了女祭司，最终阻止了失控的火车。

由香里、淳平和真琴前往港岛车站背后的不良少年那里寻找答案，并从新垣伸治郎那里得知，在风夏失踪之前，这些女孩一直在欺负她。夏树向三郎坦白，她和朋友们把风夏锁在了学校体育馆里。然而，当朋友们当晚去看风夏时，她却神秘地消失了，而风夏在被暗影附身后患上了冷漠症。那天晚上，SEES 成员推断风夏可能被困在地狱塔内，并计划营救她。三郎选他去宿舍保护夏树，他听夏讲述欺负风夏的理由，并表示风夏真心把她当作朋友。

随后，SEES成员闯入学校，并在黑暗时刻降临时发现风夏身处地狱。三和由香里在地狱入口处遭到天皇和皇后阿卡纳斯的攻击。淳平、秋彦和风夏赶来支援，但阿卡纳斯轻易压制了他们所有人格面具。战斗中，风夏也唤醒了名为露西亚的人格面具，以保护陷入困境的夏树。随着所有人的身体状况都接近极限，风夏利用露西亚感知阿卡纳斯的弱点，并协调SEES成员共同努力，最终击败了阴影。几天后，风夏搬进了岩户台宿舍，修复了与夏树的关系，生活也逐渐恢复正常。

在片尾彩蛋中，神秘少年出现在真琴面前，并自称是法罗斯。与此同时，在一个未知的地点，一名女孩从沉睡中醒来。